En vue de leur transformation, les IRS  peuvent, soit déposer une demande en vue de leur agrément en qualité d’institution de prévoyance ou en vue de leur fusion avec une institution de prévoyance agréée, soit se transformer, sans constitution d’une nouvelle personne morale, en institutions de gestion de retraite supplémentaire.

A défaut, elles seront dissoutes d’office, avec conversion en rentes viagères des fonds présents dans l’IRS à cette date, dans les conditions posées par l’arrêté du 25 juillet 2008. Dans le cas d’une transformation en institution de gestion de retraite supplémentaire (IGRS), dont l’objet social est strictement limité à la gestion administrative du régime de retraite, les éventuels fonds présents dans l’IRS doivent être transférés auprès d’un organisme assureur après approbation par l’Autorité de contrôle des modifications apportées aux régimes par voie d’accord collectif. Dans le cas où l’IRS ne détiendrait pas de fonds, le décret n°2007-1897 du 26 décembre 2007 prévoit les modalités du dépôt des statuts de la nouvelle IGRS auprès de l'Autorité de contrôle et du Ministère de tutelle.

Par ailleurs, un certain nombre d’IRS ont fait le choix de se dissoudre. Ces IRS, ont encore, pour certaines, des fonds qu’il leur appartient de transférer auprès d’un organisme assureur. Au plan technique, l'Autorité de contrôle évalue les dispositifs de transfert envisagés de façon similaire à une transformation en IGRS.
 
Au 31 décembre  2008, sept opérations de transfert de fonds détenus par des IRS se transformant en IGRS ont été approuvées par l’Autorité de contrôle. En outre, deux  IRS ont fusionné avec des institutions de prévoyance au cours de l'année 2008.